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There is no escape--we pay for the violence of our ancestors.
Tratto da "Dune" di Frank Herbert
Togusa ha un'intuzione che potrebbe tornare utile nelle indagini del caso dell'Uomo che ride; egli infatti si domanda per quale motivo un hacker di prima classe abbia dovuto ricorrere ad un rapimento per ottenere informazioni. La risposta più probabile è che le informazioni cercate non siano disponibili in forma elettronica, ma solo in forma cartacea.
Togusa si reca allora alla Serano genomics e passa in rassegna tutta la documentazione cartacea. Dopo giorni di ricerche, scopre che un dossier è scomparso; si tratta della lista di individui cui è stato iniettato il vaccino Murai, un farmaco messo a punto per curare la sclerosi del cervello cibernetico. Il farmaco però non fu mai approvato, poichè la commissione farmaceutica incaricata di esaminare la questione preferì al vaccino la cura basata su nano-macchine (di cui guarda caso la Serano è produttrice...).
Gli unici che potrebbero essere interessati al dossier sono quelli dell'associazione Girasole, un'associazione no-profit che tenta da tempo ed invano di denunciare e rendere pubblico il caso del vaccino Murai.
Togusa si reca alla sede dell'associazione spacciandosi per un giornalista che vuole rendere pubblico il caso. Il responsabile dell'associazione ammette di essere in possesso di una copia del dossier, e la mostra a Togusa. L'elenco comprende i nomi di numerosi politici, artisti ed industriali che all'epoca ricorsero al vaccino per curare la sclerosi. Ma il fatto più inquietante è che lo stesso presidente della commissione che ha impedito l'uso del vaccino lo ha utilizzato per curarsi.
Improvvisamente, un gruppo di agenti della narcotici fa irruzione nella sede dell'associazione girasole, uccidendo il responsabile e ferendo Togusa, che però riesce a fuggire, ma senza portare con sè la copia del dossier.
Accedendo alla memoria di Togusa, Kusanagi scopre ciò che è successo all'associazione Girasole; l'unico che potrebbe fare chiarezza sulla situazione è Isashi Imakurusu, il presidente della commissione d'inchiesta che bloccò il vaccino Murai a favore della cura basata su nanomacchine.
Kusanagi si reca alla sua abitazione, ma la trova completamente rasa al suolo, probabilmente dalla stessa squadra d'intervento che ha attaccato Togusa. Imakurusu però è riuscito a fuggire, e si è rifugiato in un albergo, dove riceve la visita dell'uomo che ride, che ha preso il controllo del corpo di un cameriere. L'uomo che ride esorta Imakurusu a fare chiarezza e ad uscire allo scoperto sulla faccenda del vaccino.
La sezione 9 e la squadra d'intervento sono sulle tracce di Imakurusu, ed è una gara contro il tempo; Batou raggiunge per primo l'uomo e tenta di proteggerlo. La squadra d'intervento è dotata di armamenti pesanti, ma grazie all'intevento del maggiore e di Saito, Imakurusu viene messo in salvo. Proprio mentre sta per salire a bordo dell'elicottero della sezione 9 scortato da Batou, Imakurusu viene avvicninato dall'uomo che ride, questa volta in carne ed ossa, nella persona di Aoi, il ragazzo incontrato da Togusa all'istituto per malati di autismo. In quel momento, un cecchino uccide Imakurusu; l'uomo che ride consegna a Batou il dossier Murai prima di scomparire nel nulla (letteralmente, dato che si infiltra nel sistema visivo di Batou...).
Aramaki ottiene un mandato di arresto per Niimi, il capo della squadra d'intervento. Tuttavia tre dei membri della squadra sono ancora in circolazione, e stanno tramando ai danni della sezione 9.
Il fratello maggiore di Aramaki viene arrestato con una falsa accusa di spaccio di droga; il tutto con lo scopo di attirare Aramaki in una trappola. Solo l'intervento tempestivo di Batou riesce a sventare il complotto e a salvare Aramaki.
Nel frattempo, il terzo ed ultimo membro della squadra d'assalto è riuscito a prendere il posto del medico che sta per sostituire il corpo cibernetico di Kusanagi, il cui attuale corpo è rimasto gravemente danneggato dopo lo scontro con quelli della squadra d'intervento. A salvare Kusanagi sarà nientemeno che l'Uomo che ride, in cambio della promessa da parte di Kusanagi di non intervenire durante la sua prossima ed ultima azione. L'Uomo che ride decide anche di lasciare a Kusanagi la sua memoria, in modo che la donna possa portare alla luce la verità qualore egli non dovesse sopravvivere.
Nel frattempo Niimi tenta il suicidio del cervello cibernetico; la sua memoria ne risulta compromessa, la sua testimonianza inutilizzabile in tribunale.
Aramaki decide che è venuto il momento di interrogare in prima persona il presidente della Serano, vittima del rapimenyo durante il primo caso dell'Uomo che ride. L'uomo viene tenuto in custodia protettiva sotto strettissima sorveglianza. Nonostante ciò, l'Uomo che ride riesce a rapirlo una seconda volta prima che gli uomini della sezione 9 possano parlargli.
Serano e l'Uomo che ride hanno una lunga conversazione, durante la quale ripercorrono e finalmente chiariscono gli avvenimenti del primo caso dell'Uomo che ride.
Durante il rapimento, l'Uomo che ride aveva chiesto a Serano di rivelare pubblicamente l'inutilità delle nanomacchine nel curare la sclerosi del cervello cibernetico; Serano era tuttavia convinto che le nanomacchine sarebbero state in grado, con il tempo, di porre rimedio alla malattia, e respinge la richiesta.
In seguito al rapimento, i numersi atti di terrorismo industriale da parte dell'Uomo che ride misero in ginocchio numerose società produttrici di nanomacchine (tra cui la stessa Serano). Tuttavia l'Uomo che ride era in verità del tutto estraneo a tali azioni.
Per far fronte alla situazione, il governo stanziò dei fondi pubblici per aiutare le aziende in difficoltà. In seguito, Serano venne contattato da un rappresentante del deputato Kaoru Yakushima, il quale sostenne di essere in grado di porre fine agli attacchi terroristici, in cambio di una consistente donazione a favore della campagna elettorale di Yakushima. Il cerchio comincia a stringersi...
Poco prima che gli uomini della squadra speciale del corpo di polizia intervengano per salvare Serano, egli sostiene di essersi pentito, e di voler contribuire a rendere pubblici tali avvenimenti. Gli agenti fanno irruzione, ma trovano soltanto Serano, nessuna traccia dell'Uomo che ride.
L'Uomo che ride si allontana tranquillamente, camminando in un vicolo; in fondo alla strada lo attende Batou, che si congratula per l'ottima interpretazione; sotto il cappello e la giacca blu (marchio di fabbrica dell'Uomo che ride) si nasconde infatti Kusanagi. L'intero episodio si rivela una macchinazione della sezione 9 per ottenere la collaborazione di Serano...
La sezione 9 si è avvicinata troppo alla verità sul caso dell'Uomo che ride: il coinvolgimento nel rapimento di Serano viene fatto trapelare ai media. Temendo le conseguenze sull'opinione pubblica, il primo ministro decide di sciogliere la sezione 9. Aramaki e Togusa vegono arrestati quasi immediatamente; una squadra dell'esercito pesantemente armata viene inviata ad assaltare la sede della sezione 9. Kusanagi e gli altri riescono a fuggire, e si separano subito dopo. Paz e Borma vengono tuttavia catturati quasi subito. Che sia davvero la fine della sezione 9?
Uno per uno, anche tutti gli altri membri della sezione 9 vengono catturati. Gli unici ancora in libertà sono Batou e Kusanagi.
Batou riesce a sfuggire ad un attacco grazie all'intervento di tre tachikoma che, appresa la notizia dello scioglimento della sezione 9, decidono di loro iniziativa di intervenire in soccorso di Batou, sacrificandosi per salvarlo.
Kusanagi assiste alla scena, e si interroga sulla possibilità che i Tachikoma avessero sviluppato un ghost.
Batou e Kusanagi stanno salendo a bordo di un aereo, quando un cecchino colpisce Kusanagi, distruggendole la testa con un colpo ben piazzato. Batou assiste sconvolto ed impotente alla scena. Il corpo di Motoko giace in una pozza di sangue, ma curiosamente sul polso della donna non è presente l'inseparabile orologio, l'unico oggetto che ha veramente tenuto traccia del tempo che la donna ha vissuto, rimanendo con lei corpo artificiale dopo corpo artificiale...
Togusa, dopo essere stato trattenuto per alcune settimane, viene rilasciato, ma con l'obbligo di restare confinato nella sua abitazione fino a nuovo ordine. Togusa inizia subito a fare ricerche per scoprire cosa sia successo agli altri membri della sezione 9; quando capisce che tutti sono stati arrestati e che il maggiore è probabilmente morto, comincia a dubitare che sia davvero finita, e che persino Aramaki li abbia abbandonati.
In realtà la vecchia volpe aveva già previsto tutta la situazione con ampio anticipo: prevedendo che il primo ministro non si sarebbe mosso contro Yakushima così vicino alle elezioni, Aramaki ha deliberatamente fatto in modo che la sua squadra passasse per il cattivo di turno. Sacrificando la sezione 9 ha però dato via libera alla procura, che ha potuto arrestare Yakushima, prendendosi tra l'altro tutto il merito delle indagini.
Kusanagi e Aoi (alias l'Uomo che ride) si incontrano in una biblioteca, curiosamente definita da Kusanagi "cimitero delle informazioni". Tra i due è un duello dialettico a colpi di citazioni colte che, ammetto, non sono riuscito a seguire. Anche Aramaki si unisce ai due, portando loro la notizia che che ufficialmente l'Uomo che ride non è mai esistito (il che corrisponde ad una sorta di amnistia per Aoi). A sorpresa Aramaki chiede ad Aoi di entrare a far parte della sezione 9, ma il ragazzo rifiuta poichè "non si sente poratato per il lavoro di squadra". "Le ha dato il due di picche" commenta il maggiore...
E adesso sotto con il 2nd GIG...